Pour le Moyen Age, ses précieuses recherches sur les Bénéfices du Diocèse de Vabres l’amenèrent à reprendre l’histoire de plusieurs églises perdues dans la campagne. Il s’intéressa, bien sûr, aux ruines de Saint-Etienne (commune de Sainte Eulalie), qui fut la première église paroissiale de l’Hospitalet, et il détruisit justement l’hypothèse de ceux qui voulaient y voir le siège de l’antique évêché d’Arisitum. A Saint-Amans-du-Larzac, il attira l’attention sur les dévotions populaires autour de cette chapelle abandonnée dans les bois de la Crémade. Dans le vallon de Boundoulaou (Creissels), il eut l’extraordinaire intuition de situer l’église de Saint-Martin-de-Pris où Raymond VII, le dernier Comte de Toulouse, rédigea son testament avant de mourir à Millau en 1249. D’autres érudits proposaient de rechercher cette église sur le Larzac ou près de Rodez : le hasard a voulu qu’elle puisse être dégagée et identifiée en 1981, à l’endroit même ou Frédéric Hermet l’avait pressentie.
C’est en suivant les pas de l’abbé Frédéric Hermet que ses successeurs peuvent aujourd’hui dresser un tableau complet de l’archéologie du Larzac. Fermes, villages, cimetières, routes et enceintes fortifiées permettent de cerner les conditions d’un développement économique fondé sur l’agriculture et l’élevage, l’artisanat du métal et le commerce avec le littoral méditerranéen. Grâce à la fouille des sanctuaires de Pech-Caut, du Pas de la Selle, de Sargel, du Rajal del Gorp et de l’Ourtiguet, on connaît avec précision certaines pratiques religieuses originales des périodes gauloises et romaines.
Et c’est encore sur les pas de Frédéric Hermet que furent fouillées deux-cent-cinquante tombes de la nécropole gallo-romaine de la Vayssière, avec, en particulier, celle de la druidesse Severa Tertionicna, qui conservait une lettre de près de soixante lignes en langue gauloise - le plus long document celtique connu à ce jour en Europe.